Сработка Бурейского водохранилища осуществляется в соответствии с режимом, установленным Федеральным агентством водных ресурсов в лице Амурского бассейнового водного управления с установленными средними сбросными расходами 700±100 м³/с. Среднесуточный расход через гидроузел составляет 826 м³/с, отметка уровня верхнего бьефа – 235,88 м. Станция работает в штатном режиме.

В период аномального паводка 2014 года Бурейская ГЭС удержала 4,66 км³, или около двух третей всего объема воды, поступившего в Бурейское водохранилище, существенно снизив масштабное затопление территорий Дальнего Востока.

На станции выполняется полный комплекс необходимых мероприятий по мониторингу уровней водопостов и изменению притока воды, и обеспечению нормального функционирования гидротехнического сооружения. В постоянном режиме осуществляется информационный обмен и взаимодействие органов власти, МЧС, Амурского бассейнового водного управления, Амурского гидрометцентра, Управления эксплуатации Бурейского водохранилища.